Klęska wrześniowa nie skończyła walki Polaków z okupantami. 30 września 1939 r. w Paryżu urząd prezydenta objął Władysław Raczkiewicz. Tego samego dnia powstał nowy rząd, na czele którego stanął gen. Władysław Sikorski, od 7 listopada sprawujący także funkcję Naczelnego Wodza. 12 września 1939 r. władze francuskie oddały do polskiej dyspozycji obóz ćwiczebny w Coëtquidan, w którym miała zostać sformowana dywizja piechoty.
Nowe władze polskie podpisały umowy z Anglikami i Francuzami, dające podstawy prawne dla działania Wojska Polskiego na obczyźnie. 18 listopada zawarto w Londynie umowę w sprawie współpracy Polskiej Marynarki Wojennej z brytyjską, zaś 25 grudnia umowę wojskową między rządami Polski i Wielkiej Brytanii. Natomiast 4 stycznia 1940 podpisano polsko-francuską umowę w sprawie utworzenia Wojska Polskiego we Francji oraz umowę lotniczą. Na mocy tego ostatniego porozumienia Polskie Siły Powietrzne, stanowiące część składową Wojska Polskiego, zostały podporządkowane francuskiemu Naczelnemu Dowództwu.
Na mocy tych porozumień Wojsko Polskie we Francji zostało podporządkowane francuskiemu Naczelnemu Wodzowi. Prace organizacyjne nad tworzeniem polskich sił zbrojnych trwały do kapitulacji Francji w czerwcu 1940 r.
- Ignacy Mościcki do 30 IX 1939 r.
- Władysław Raczkiewicz od 30 IX 1939 r.
- Sławoj Felicjan Składkowski do 30 IX 1939 r.
- Władysław Eugeniusz Sikorski 30 IX 1939-4 VII 1943
- Stanisław Mikołajczyk 14 VII 1943-24 XI 1944
- Tomasz Arciszewski od 29 XI 1944
- marsz. Edward Rydz-Śmigły do 7.XI 1939
- gen. Władysław Eugeniusz Sikorski 7 XI 1939-4 VII 1943
- gen. Kazimierz Sosnkowski 8 VII 1943-30 IX 1944
- gen. Tadeusz Komorowski od 30 IX 1944 (od 2 X w niewoli niemieckiej)
- gen. Władysław Anders (formalnie pełnił obowiązki od 26 II 1945)
Proporzec Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych - Naczelnego Wodza z 1939 r.
