W wyborach parlamentarnych 4 czerwca 1989 roku Lech Kaczyński zdobył mandat senatora Ziemi Gdańskiej. W sierpniu 1989 roku wspierał Jarosława Kaczyńskiego w pracach nad utworzeniem koalicji rządowej między „Solidarnością” a ZSL i SD.
Od maja 1990 roku był I wiceprzewodniczącym NSZZ „Solidarność”, w lutym 1991 roku kandydował na stanowisko przewodniczącego „Solidarności”. W wyborach zajął drugie miejsce, przegrywając z Marianem Krzaklewskim.
Od 12 marca do 31 października 1991 roku pełnił funkcję ministra stanu ds. bezpieczeństwa w Kancelarii Prezydenta RP. Nadzorował prace Biura Bezpieczeństwa Narodowego. Odszedł po konflikcie z Lechem Wałęsą i szefem gabinetu prezydenta Mieczysławem Wachowskim.
W wyborach parlamentarnych w 1991 roku zdobył mandat posła na Sejm I kadencji z listy Porozumienia Centrum (pierwszej partii założonej przez brata Jarosława) z okręgu nowosądeckiego. Aktywnie działał w czterech komisjach, zajmując się sprawami związanymi z legislacją i polityką społeczną. Od listopada 1991 roku był przewodniczącym Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych.
14 lutego 1992 roku został wybrany przez Sejm Prezesem Najwyższej Izby Kontroli. „To było bardzo ciekawe doświadczenie pracy państwowej. NIK pozwolił mi rozpoznać stan kraju. Dzięki temu okresowi mogłem sobie doskonale uświadomić, jaki jest poziom rozkładu struktur państwa. Kontrolowaliśmy armię, policję, Lasy Państwowe, różne procesy prywatyzacyjne, opiekę nad sierotami, realizację programów rządowych, także pod kątem wydawania przeznaczonych na nie pieniędzy, sytuację w przedsiębiorstwach państwowych, których wtedy było bardzo wiele. Z tych wszystkich kontroli wynikało, że aparat państwa jest w znacznej mierze fikcyjny” – wspominał.
Jego trzyletni nadzór wzmocnił zaufanie społeczne do tej instytucji (badania opinii publicznej wykazały wzrost zaufania z 30 do 60 procent), czyniąc ją skutecznym organem kontroli państwowej.
W tym czasie był członkiem Rady Administracyjnej Międzynarodowej Organizacji Pracy przy ONZ i członkiem Prezydium EUROSAI (europejskiego stowarzyszenia organów kontroli państwowej).
W 1995 r. z programem „Nowy porządek – bezpieczny obywatel – bezpieczne państwo” Lech Kaczyński prowadził kampanię wyborczą przed wyborami prezydenckimi. We wrześniu tego roku zrezygnował z kandydowania, deklarując swoje poparcie dla Jana Olszewskiego.
Po odejściu z NIK-u przez pięć lat nie angażował się w politykę i, jak przyznawał po latach, myślał, że tak już zostanie. „To było częściowo związane z faktem, że po mojej stronie na scenie politycznej dominował Marian Krzaklewski, którego nie traktowałem i nie traktuję jako rywala ani przeciwnika. Faktem jest jednak, że jakieś napięcie między nami było, choć przecież on parę lat wcześniej wygrał, a nie przegrał ze mną wybory na szefa »Solidarności«. W 1997 roku miałem nawet propozycję startu w wyborach parlamentarnych, ale bycie zwykłym, szeregowym posłem lub senatorem specjalnie mnie nie pociągało. Wolałem nadal zajmować się nauką”.
Był profesorem nadzwyczajnym Uniwersytetu Gdańskiego (1996–1997), a od 1999 r. Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. Ponadto w latach 1995–2001 wykładał prawo w Bałtyckiej Wyższej Szkole Humanistycznej w Koszalinie.
W latach 1995–1997 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego rady programowej Instytutu Spraw Publicznych, kierowanego przez Lenę Kolarską-Bobińską.
W 1999 roku został członkiem Komisji Kodyfikacyjnej przy ministrze pracy i polityki socjalnej.
Do polityki wrócił 12 czerwca 2000 roku powołany przez premiera Jerzego Buzka na stanowisko ministra sprawiedliwości. „Bardzo dobrze czułem się w Ministerstwie Sprawiedliwości, choć traktowałem to jako przygodę, a nie wstęp do dalszej kariery. Myślałem, że oto mnie, 51-letniemu panu, coś się jeszcze ciekawego w życiu przydarza. A ponadto odkryłem, że nie zawsze muszę być politykiem niepopularnym”.
W 2001 roku stanął na czele Komitetu Krajowego Prawa i Sprawiedliwości, nowej partii prawicowej, którą współtworzył z bratem Jarosławem. Uzyskał mandat posła na Sejm IV kadencji z okręgu gdańskiego. Pełnił funkcję przewodniczącego sejmowej Komisji Odpowiedzialności Konstytucyjnej.
STRONA GŁÓWNA "WARTO BYĆ POLAKIEM"
ORGANIZATOR
PROJEKT FINANSOWANY ZE ŚRODKÓW KANCELARII PREZESA RADY MINISTRÓW
W RAMACH KONKURSU POLONIA I POLACY ZA GRANICĄ 2022