Podczas kampanii 1939 r. wielu polskich żołnierzy dostało się do niewoli, zarówno niemieckiej, jak i sowieckiej. Już podczas trwania walk oddziały Wehrmachtu i Armii Czerwonej dopuszczały się zbrodni wojennych. Np. w Katowicach zamordowano 80 jeńców, pod Ciepielowem ok. 250, w Zambrowie ok. 300, w Zakroczymiu ok. 500 czy w Grodnie i pod Szackiem.
W Niemczech system obozów jenieckich był bardzo rozbudowany, odrębny dla obszarów operacyjnych i dla terenów III Rzeszy. Poza obszarem operacyjnym wszystkie sprawy jenieckie (w tym obozy) podlegały Naczelnemu Dowództwu Wehrmachtu. Natomiast obozy dla lotników i marynarzy podporządkowano Naczelnemu Dowództwu Lotnictwa i Naczelnemu Dowództwu Marynarki.
W 1943 r. utworzono zarząd generalnego inspektora ds. jeńców wojennych, którego zadaniem było zapobieganie ucieczkom jeńców oraz koordynowanie wysiłków zmierzających do maksymalnego wykorzystania siły roboczej. W niemieckiej strukturze obozy jenieckie dzieliły się na oficerskie (oflagi) i dla szeregowych (stalagi). Istniały też obozy dla wojskowo i politycznie niebezpiecznych obywateli państw pozostających w stanie wojny z III Rzeszą.
Wziętych do niewoli w 1939 r. żołnierzy (głównie szeregowych) Niemcy sukcesywnie zwalniali. Tak np. latem 1941 r. w obozach jenieckich przebywało ponad 150 000 żołnierzy polskich, zaś w dniu 1 sierpnia 1944 r. - tylko nieco ponad 50 000. Ich liczba wzrosła do ok. 70 000 m.in. wskutek kapitulacji oddziałów powstańczej Warszawy (stan w grudniu tego roku). Do największych oflagów, w których przebywali polscy jeńcy, należały obozy w Murnau, Woldenbergu, Dössel czy Lubece.
W obozach istniał ruch oporu. Jeńcy nawiązali kontakt z dowództwem Armii Krajowej. Tworzono grupy bojowe, których zadaniem było niedopuszczenie do likwidacji jeńców przez Niemców w chwili podejścia oddziałów alianckich. Ujawniano i zwalczano nielicznych konfidentów. Szczególną formą ruchu oporu były podejmowane ucieczki. Od 1943 r. Niemcy zaczęli mordować jeńców - uciekinierów oraz członków obozowego ruchu oporu. Tak się stało np. z jeńcami, schwytanymi po ucieczce z oflagu w Dössel czy w Żaganiu (lotnicy alianccy, wśród nich 6 Polaków)..
Ucieczki, choć o tragicznych konsekwencjach, były formą walki z okupantem. Zmuszały Niemców do używania przeciwko uciekinierom formacji policji i wojska, co zakłócało normalny rytm funkcjonowania państwa.
W niemieckich obozach jenieckich znajdujących się na ziemiach polskich byli więzieni nie tylko żołnierze alianccy, ale też sowieccy. Polacy starali się im pomagać w trakcie podejmowanych przez jeńców ucieczek, dostarczając m.in. żywność i ubrania cywilne.
W ZSSR sprawy jeńców podlegały specjalnie utworzonemu Zarządowi NKWD ZSSR ds. Jeńców Wojennych. Uznanych za najbardziej niebezpiecznych jeńców (oficerowie, żołnierze Korpusu Ochrony Pogranicza, policjanci) osadzono w obozach specjalnych w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie. Niemal wszyscy oni zostali zamordowani wiosną 1940 r. Pozostałych 395 skierowano do obozu w Juchnowie, a potem do Griazowca.
Sowieci tworzyli także obozy pracy dla jeńców, podległe Ministerstwu Metalurgii Żelaznej. W maju 1940 r. większość Polaków ukarano za krnąbrną postawę i przeniesiono na Daleką Północ, do republiki Komi. Jeńcy pracowali także na Ukrainie.
Latem 1940 r., po aneksji republik nadbałtyckich, władze sowieckie przewiozły internowanych tam polskich żołnierzy do obozów w Kozielsku i Juchnowie. Podobnie jak w obozach niemieckich i tutaj istniał ruch oporu polskich jeńców.
Ogółem do września 1941 r. w niewoli sowieckiej pozostawało ponad 20 000 jeńców. Po podpisaniu umowy Sikorski-Majski zostali uwolnieni. Zgłosili się do szeregów Armii Polskiej w ZSSR.
5 III 1940 r. Biuro Polityczne WKP(b) podjęło decyzję o wymordowaniu polskich jeńców wojennych przebywających w obozach w Kozielsku, Starobielsku, Ostaszkowie oraz więzieniach zachodniej części Białorusi i Ukrainy. Decyzję tę, na wniosek Ławrentija Berii, zaaprobowali: Iosif Stalin, Łazar Kaganowicz, Michaił Kalinin, Anastas Mikojan, Wiaczesław Mołotow i Kliment Woroszyłow.
W jej następstwie w okresie od 3 IV do 13 V zamordowano 4404 jeńców z Kozielska (w Katyniu), 3896 ze Starobielska (w Charkowie), 6287 z Ostaszkowa (w Kalininie, obecnie Twer), a ponadto 3405 osób na Ukrainie i 3880 na Białorusi, łącznie 21 872 osoby.
Większość ofiar stanowili wojskowi i policjanci, było wśród nich 12 generałów. Byli to jednak przede wszystkim rezerwiści, inteligenci. Zamordowano ponad 40 wykładowców wyższych uczelni, kilkuset lekarzy, a także po kilkuset inżynierów, prawników, nauczycieli i literatów.
W 1990 r. władze ZSSR oficjalnie przyznały się do tej zbrodni.